Mit Kräutern und Heilpflanzen wurde schon sehr früh praktiziert. Vor allem in den Klöstern hatten die Nonnen und Mönche ein sehr grosses Wissen über die Pflanzenheilkunde und sie setzten es als Klostermedizin bei Krankheiten mit Erfolg ein. Das grosse Wissen wurde über die Jahre weiterentwickelt aber auch gut dokumentiert und niedergeschrieben. Die Natur wurde als Lebens- und Heilkraft aufgefasst.
Die Pflanzenheilkunde oder auch Phytotherapie genannt, ist in der traditionellen europäischen Naturheilkunde (TEN) das Hauptgebiet. Es werden Pflanzenteile wie Blüten, Blätter, Samen, Rinden oder Wurzeln therapeutisch verwendet, jedoch keine isolierten Einzelstoffe. Die Pflanzen werden entweder frisch, getrocknet, in einem Teeaufguss, als gepressten Saft, als Tinktur, als Extrakt, als Pulver oder als ätherisches Öl eingesetzt.
Auch die Spagyrik wird aus den Pflanzen gewonnen, jedoch werden die verschiedenen Pflanzen einzeln in einem Destillierverfahren destilliert und sie wirken dann bei der Anwendung vor allem im feinstofflich, seelischen Bereich.